Letztendlich läuft alles darauf hinaus, dass OpenTTD auf sehr verschiedene Arten gespielt wird.
Es gibt einfach diverse Features, die nicht zusammen funktionieren, und es auch nie tun werden.

Für viele Spielarten gibt es viele brennende Anhänger und Verfechter. Gemeinsam ist ihnen nur der mangelnde Respekt gegenüber anderen Spielarten.

Nehmen wir mal diese Liste an Funktionen: (ich verwende die englischen Namen der Features, da ich die deutschen nicht kenne; dafür aber teilweise mit Bildern)
* Cargo Distribution (trunk)
* Timetables (trunk)
* Conditional orders (trunk)
* Self-regulating network (kein Patch, aber ein Spielstiel)

und die zugehörigen fortgeschrittenen Versionen:
* Cargo Destinations (celestar, michi_cc)
* 24-hour timetables (ic111)
* Timetable auto-separation (pavel1269)
* More conditional orders (Hirundo et al.)
* Programmable/restrictive signals (Ideensammlung)

Diese 4 Funktionen stehen in folgendem Konflikt:
Wer entscheidet,
* wo ein Zug langfährt,
* wo er hält,
* was und wieviel er lädt.

Cargo Distribution und Timetables setzen voraus, das Züge immer die gleichen Strecken in der gleichen Taktung fahren.
Conditional Orders, programmierbare Signale u.s.w. machen genau das Gegenteil: Der Spieler entwirft komplexe Mechaniken, wo der Zug lang fährt, wann er wo hält, oder ggf. volle Stationen überspringt (der Realismus geprägte Spieler wird hier feststellen, das Passagiere beim betreten einen Zuges nie wissen, sohin er fährt; andere mögen natürlich gerade dies als realistisch werten ).

Nun ist es aber natürlich nicht so, dass jeder Spieler sich für eine der Seiten entscheidet. Es gibt vieles dazwischen, und die trunk Features versuchen irgendwie einen "kleinsten gemeinsamen Nenner" dazwischen zu finden.
Jeder kann ja mal schätzen, wie viele Monate fonsinchen daran gearbeitet hat, dass Cargo Distribution mit Conditional Orders einigermaßen funktioniert. Und wieviele Bug Reports es dazu gab.

Die Fahrstrecken sind nicht er einzige Bereich, in denen es konflikt-trächtige Features gibt. Ein weiterer Bereich ist zum Beispiel die Güter-Produktion und Belieferung.
* Cargo Destinations verteilt Waren automatisch zwischen Zielen, wenn man die Ziele nicht anfährt bekommt man die Waren nicht zum Transportieren.
* GameScripts und diverse Goal-Server erfordern das Beliefern von bestimmten Zielen mit möglichst viel oder regelmäßiger Fracht.
* Industry NewGRF wie ECS oder PBI haben Bedarf an bestimmten Waren in bestimmten Verhältnissen und Maximal-Mengen.

Natürlich funktionieren diese drei Dinge zusammen überhaupt nicht.

Zusammengefasst:
Wenn die offiziellen Trunk Versionen alle Spielvarianten bedienen möchten, so kann man nur grundlegende Funktionen aufnehmen, die den Spielstiel nicht zu sehr festnageln.

So ist z.B. Cargo Distribution für den Trunk ein nützliches Feature, da es die Warenverteilung übernimmt. Gleichzeitig ist es aber offen genug, nicht hart festzulegen, wohin die Waren wirklich fließen. Dadurch ist es flexibler als Cargo Destinations, und kann eher mit GameScripts und NewGRF in Einklang gebracht werden.

Andere Features sind hingegen sehr speziell. Funktionen wie 24-hour timetables oder Head2Head sind zwar faszinierend, betonieren aber mehr oder weniger einen Spielstiel fest. Entsprechend polarisierend sind die Meinungen: Manche können nicht ohne spielen, andere verstehen nicht, wie man mit soetwas spielen kann.
Dies gilt nicht nur für die Spieler, sondern auch für die Entwickler. Wer möchte seinen Patch mit einem anderen Patch kompatibel machen, für den sie/er kein Interesse hat?
Das schlimmste ist dann, wenn ein solches Nieschen-Feature in den Trunk kommt. Dann gibt es hunderte Inkompatibilitäten, und keiner möchte sie beheben, da keiner an beiden Features interessiert ist. Es aber trotzdem genügend Grauzonen-Spieler gibt, die versuchen mit beidem zu spielen (bewusst oder unbewusst), und diese Inkompatibilitäten finden.

Tja, was bleibt als Lösung? Trunk kann nur universelle Funktionen aufnehmen, die für mehrere Dinge nützlich sind.
Andere Funktionen müssen Add-Ons verbleiben: Als NewGRF, GameScript oder Patch.
Für Cargo Destinations wird es sicherlich irgendwann GameScript Funktionen geben. Andere Patches (wie z.B. Infrastructure Sharing, oder der längst vergessene Vorgänger "Subsidiaries") werden vermutlich für immer Patches bleiben.