Es geht gar nicht so sehr um "nicht erwünscht", sondern um "man soll sich über mögliche Nebenwirkungen informieren." Deswegen wurde die Schwelle erhöht, denn die rote Warnung alleine hat viele uninformierte Leute nicht davon abgehalten.

Mal ein Beispiel, was schief gehen könnte:
Angenommen man hätte ein Szenario mit ECS Industrien, wie das USA Szenario. Nun käme man auf die Idee, im ECS Szenario mit NARS zu spielen. Normalerweise ist es O.K., Fahrzeugsets hinzuzufügen, solange noch keine Fahrzeuge existieren, aber NARS ist kein reines Fahrzeugset, denn für die Funktionalität "regearing" wird ein Frachttyp verändert, was Auswirkungen auf die ECS Industrien hat. Das fällt einem aber unter Umständen erst nach einiger Spielzeit auf. NARS ist in dem Sinne wie ein Industrieset zu behandeln, außer man deaktiviert "regearing" per Parameter.

Ansonsten gilt das, was ich oben zur "Hinzufügbarkeit" sagte, weiterhin. Nur Entfernen sollte man sich verkneifen, also wenn dir ein GRF nicht gefällt, Szenario neu laden und von vorne anfangen.

Nachtrag: "getseed", oder "restart", um eine Karte neuzustarten, hilft nur bei Zufallskarten, nicht bei "gemalten" Szenarios.