Höhenrelief unter Wasser ist ja per Patch möglich, der den Meerespegel ansteigen lässt, was beim Patch für Tunnels unter dem Meer der Fall ist. "Richtige" Seen über Meeresspiegel (also keine Flüsse) sind aber damit leider trotzdem nicht möglich.

Was natürlich auch nicht schlecht wäre, gerade bezüglich realistischem Gelände im Gebirge, wäre steileres Gelände, z.B. zwei oder drei Höhenstufen pro Feld (muss ja nicht Senkrecht sein wie in RCT). Das würde den Bau von Gebirgsbahnen viel Interessanter machen. Auch wäre dann der Reiz grösser, den Streckenbau mehr dem Gelände anzupassen...
Ist aber wohl nicht so einfach zu implementieren

Bezüglich Bodenseeregion:
Die ist halt nun mal ziemlich flach. Würde man diese markanter machen, ginge das einfach auf kosten der Gebirge. Ein See in flachem Gelände stich nun halt bezüglich Höhenunterschied nicht sonderlich raus.