Ich glaube mich sehr dunkel daran zu erinnern, daß es ein commit à la "zerstöre nicht die 0.6-Teile der .cfg" gab, aber vielleicht hab ich das auch geträumt

ansonsten gibt es zwei Abhilfen:

1. packe die .cfg direkt neben die .exe, anstatt in "Eigene Dateien", dann hat quasi jede Installation ihre eigene Konfiguration
2. starte die verschiedenen Versionen mit -c <Dateiname> als parameter, um eine andere als die Standarddatei zu benutzen