also folgendes Beispiel, ein ICE startet in Hamburg, in Altona steigen Fahrgäste zu, in Hbf hält der Zug nochmal und es steigen wieder Fahrgäste ein, aber niemand aus.

Dies will ich nun auch versuchen in OTT umzusetzen, aber irgendwie klappt es nicht. Umgekehrt funktioniert es, der Zug hält das erste Mal, 50% der Fahrgäste steigen aus und am "Endbf" steigt der Rest aus.

Hier, am Endbahnhof, hab ich nun die Option drin "30% beladen des Fahrzeuges" aber es werden mehr geladen, so mit ungefähr 43% Belegung ist der Zug abgefahren, am nächsten Halt hab ich dann Zug vollbeladen und da der Bf Passagiere akzeptiert steigen die eben eingestiegenen alle wieder aus und der Zug wird nun mit hiesigen Fahrgästen neu gefüllt.

Wie kann ich umgehen, dass alle Fahrgäste wieder aussteigen - so das, am zweiten Halt, nur zugestiegen wird?

Und wieso wird mehr als 30% Fracht geladen, obwohl ich das so angegeben habe? - Das ist aber ehen nebensächlich.

Du musst bei dem Bahnhof, bei dem du Passagiere zusteigen lassen willst, "Umladen und Beladen" auswählen. Die Passagiere steigen zwar nicht wirklich zu, sondern erst steigen die Passagiere aus, und dann steigen sie, mit den zusätzlichen die am Bahnhof warteten, wieder ein.
Ist zwar nicht die Perfekte Methode, aber sie funktioniert und meines wissens gehts leider auch nicht anders.